Sveti Franjo je ugledao svjetlo španjolskoga plavetnog neba 28. listopada 1510., na blagdan Svetih apostola Šimuna i Jude Tadeja, u Gandiji, kao prvorođenac Juana de Borje, trećeg gandijskog vojvode, i žene mu Ivane Aragonske. Po očevoj je lozi bio praunuk pape Aleksandra VL, a po majčinoj aragonskog i kastilskog tzv. katoličkog kralja Ferdinanda. U desetoj godini života ostade siroče bez majke i bi poslan u Zaragozu, gdje mu ujak Ivan Aragonski bijaše nadbiskup. Ondje započe njegov prvi odgoj u čitanju i pisanju, u glazbi - za koju bijaše naročito nadaren, a i u umijeću rukovanja oružjem, što su tada plemićki sinovi morali naučiti.
Nakon toga je kao paž pošao na španjolski dvor u Tordesillas. Bio je paž done Katarine, sestre Karla V., čineći joj društvo u osami s njezinom majkom, kraljicom Ivanom "ludom". Kad se Katarina god: 1525. udala za portugalskoga kralja Ivana III, Franjo se vratio u Zaragozu te ondje pod vodstvom Gašpara de Laxa studirao filozofiju. Na zahtjev samoga Karla V. vratio se g. 1528. na kraljevski dvor te godinu dana kasnije oženio Eleonoru de Castro, Portugalku, inače počasnu damu carice Izabele, Karlove žene. Karlo V. je veoma zavolio Franju i obasuo ga raznim milostima, odlikovanjima i počastima. Franjin je brak s Eleonorom bio sretan i plodan. Rodit će se iz njega osmero djece.
Franjina je obitelj ostala na carskome dvoru sve do nenadane smrti znane ljepotice, carice Izabele, 1. svibnja 1539. Ta je smrt učinila na njega silan dojam. Franjo je kao vrhovni carski nadkonjušar bio zadužen da takoreći preko cijele Španjolske prati caričin lijes sve do Granade, gdje je imala biti sahranjena. Kod sahrane 17. svibnja on je morao potvrditi istovjetnost pokojničina tijela. Učinivši to, doživio je silan preokret u svome životu. Upoznao je živo svu prolaznost i nestalnost zemaljskih stvari. I odatle vuče korijen njegova odluka da se posveti jednom savršenijem životu. To ipak nije bila još neposredna odluka da će se posve odreći svijeta. Prvi Franjini životopisci njegov su doživljaj u Granadi ovako saželi: "Neću više nikada služiti gospodaru koji bi mogao umrijeti." Sam Franjo će kasnije u svom dnevniku, na obljetnicu caričine smrti god. 1566., ovo zabilježiti: "Utjeha u mislima na caricu, u radosti nad onim što je Gospodin smrću učinio nad njom i nada mnom."
Nakon caričine smrti Franjo je bio imenovan potkraljem Katalonije te je 23. kolovoza ušao u Barcelonu. U toj će službi ostati od 1539. do 1543. te pokazati izvanredne sposobnosti za upravu i vođenje poslova. Istaknuo se naročito u smirivanju duhova i u borbi protiv razbojnika i pljačkaša. Nalazeći se na tako visokom državničkom položaju, provodio je ipak veoma intenzivan duhovni život, provodeći sate i sate u molitvi te primajući često sakramente ispovijedi i pričesti. Osjećao je silnu sklonost da što dublje upozna samoga sebe, ispitivao je neprestano stanje svoje duše, a kasnije će i pisati o raznim metodama kako se dolazi do spoznaje samoga sebe.
U to se vrijeme mnogo družio i savjetovao s franjevačkim bratom Juanom de Tejedom, koga je s dopuštenjem njegovih poglavara poveo sa sobom u Gandiju. U Barceloni se upoznao i s velikim franjevačkim svecem te revniteljem redovničke obnove Petrom Alkantarskim. U istome gradu došao je god. 1541. u prvi dodir s Družbom Isusovom, susrevši se s blaženim Petrom Fabrom, koji je bio na prolazu kroz Kataloniju.
Kad je Franji 17. prosinca 1542. umro i otac, postade on nasljednikom Gandijske vojvodine. Godinu dana kasnije Karlo V. imenovao ga je majordomom vojvotkinje Marije, kćerke portugalskoga kralja, koja se imala udati za španjolskoga prijestolonasljednika Filipa.
Franji je 27. ožujka 1546. umrla žena Eleonora. Nakon toga dogadaja on je pod vodstvom isusovca oca Andrije d'Ovieda obavio duhovne vježbe po metodi sv. Ignacija Loyole. Plod je tih duhovnih vježbi bio da je 2. lipnja 1546. položio zavjete čistoće, poslušnosti te zavjet da će stupiti u Družbu Isusovu. U svojoj je Gandiji osnovao isusovački kolegij. Bio je to prvi kolegij u Europi; Papa ga je bulom od 4. studenoga 1547. uzdigao na rang sveučilišta. Franjo će na njemu završiti studij teologije te 20. kolovoza 1550. zadobiti doktorat iz nje. U međuvremenu je 1. veljače 1548. potajno položio svečanu isusovačku profesiju uz dispenzu da i dalje, noseći svjetovno odijelo, može nastaviti s upravljanjem svojih dobara.
Svojim je ugledom postigao da je papa Pavao III. 31. srpnja 1548. potvrdio knjižicu Duhovnih vježbi sv. Ignacija, što je za mladu Družbu Isusovu bio događaj velike važnosti. U breveu potvrde Duhovnih vježbi Pavao III. Franju Borgiju naziva "ljubljenim sinom, plemenitim mužem, vojvodom Gandije".
Franjo je napokon uspio srediti sve svoje poslove pa je 26. kolovoza 1550. napisao i oporuku. Pet dana
nakon toga otputovao je u Rim kao hodočasnik da zadobije oprost, Svete godine i sa sv. Ignacijem uredi sve što je potrebno za službeni ulazak u Družbu Isusovu. U Rimu je ostao nekoliko mjeseci, a onda se početkom god. 1551. opet uputio u Španjolsku. Došavši u baskijsku pokrajinu, odrekao se svih vojvodskih prava te od Karla V. dobio dopuštenje da smije obući redovničko odijelo. U Ognati je 26. svibnja 1551. zaređen za svećenika, a prvu je misu služio tek 1. kolovoza u kući Loyola.
Nakon toga je kroz tri godine od svećeničkih poslova obavljao ponajviše propovjedničku službu te pisao rasprave o raznim problemima duhovnoga života. Karlo V. ga je Papi predložio za kardinalat, no Franjo je to odbio položivši 22. kolovoza 1554. u Simancasu jednostavne zavjete što ih uz svečane polažu profesi Družbe Isusove, od kojih je jedan da neće primati crkvene časti ni dostojanstva, osim ako im to zapovjedi onaj koji to može zapovjediti pod grijehom, a to je jedino papa. Sv. Ignacije ga je međutim imenovao generalnim povjerenikom Družbe za Španjolsku i Portugal. Jedna mu je od glavnih dužnosti u toj službi bila podizanje novih kolegija. On ju je odlično izvršio jer je podigao dvadesetak kolegija, a god. 1554. osnovao je u Sirnancasu prvi Družbin novicijat.
Car Karlo V. - neki misle potaknut primjerom sv. Franje Borgije - odrekao se god. 1555. prijestolja i povukao u Yuste. Ondje je tri put dozvao k sebi sveca da ga u nekim stvarima pita za savjet jer je mnogo držao do njegova suda. I u času smrti želio ga je imati uza se, a imenovao ga je skupa sa svojim sinom Filipom II. izvršiteljem svoje oporuke. I novi je vladar prema ocu Franji Borgiji, isto tako kao i njegova sestra Ivana, pokazivao veliko povjerenje. Zbog toga su mu neki bili zavidni, što ga je nemalo boljelo, jer on sam nije išao ni za kakvom taštom slavom ni afirmacijom.
Tada ga je zadesila još jedna veoma neugodna afera. Netko se usudio pod njegovim imenom izdati knjigu koju je generalni inkvizitor Španjolske Fernando de Valdés stavio na popis zabranjenih knjiga. On, umjesto da se brani, skloni se u Portugal. Kasnije bi dokazana njegova nedužnost, no prije toga i on i Družba pretrpješe mnogo na ugledu.
Nakon te neugodne afere papa Pio IV. pozvao je Borgiju u Rim i on se dade na put te stiže u Vječni grad 7. rujna 1561. Kad je pak koncem god. 1562. došlo do ponovnoga otvaranja Tridentskog sabora, te na Sabor moradoše poći kao teolozi general Družbe otac Lainez i njegov zamjenik otac Salmeron, službu generalnog vikara Družbe preuze Borgija. Vrativši se 12. siječnja 1564. s Koncila, Lainez imenuje Borgiju asistentom za Španjolsku i Portugal. Kad je pak Lainez 19. siječnja 1565. preminuo, Borgija opet bude imenovan vikarom. Glavna mu je briga bila tada pripremiti II. generalnu kongregaciju za izbor novoga generala. Kongregacija je u srpnju 1565. izabrala njega za trećega generala Družbe. On je u znak poniznosti prisutnim izbornicima odmah poljubio noge.
Generalat sv. Franje Borgije poklapao se gotovo posve s pontifikatom sv. Pija V. Taj ga je Papa veoma cijenio, ali je ipak Družbi zapovjedio dvije teške zapovijedi: zajedničko moljenje časoslova u koru te polaganje svečane profesije prije svećeničkog ređenja, što je bilo protiv Družbina Instituta. General i Družba poslušaše Papinu zapovijed koju će kasnije dokinuti papa Grgur XIII.
Sv. Franjo Borgija kao general reda bdio je marno nad duhom Družbe. O tom je problemu upravio Družbi veoma značajnu poslanicu O sredstvima da se očuva Družbin duh. Veoma se brinuo za odgoj novaka te odredio da svaka provincija ima svoj novicijat. Pobrinuo se i za dva izdanja Pravila Družbe Isusove i jedno izdanje Konstitucija. Posluživši se ovlastima što mu ih je dala Generalna kongregacija, naložio je svima isusovcima 1 sat jutarnje meditacije. Njegova se zalaganja usredotočiše i na jedan veliki pothvat: na gradnju crkve Al Gesu u Rimu, koju je financirao kardinal Aleksandar Farnese, nećak Pavla III.
Glavne značajke Franjine duhovnosti bijahu poniznost i pokora. Uvijek se smatrao najvećim grješnikom, pa se čak i potpisivao sa "Franjo grješnik". Mnogo je molio, bio iskreno pobožan prema Isusu u Euharistiji i prema Gospi. Revnovao je i za misije pa je tako on osnovao prve Družbine misije u Americi. Po nalogu sv. Pija V. pratio je god. 1571. na put u Španjolsku i Portugal kardinala Michela Bonellija koji je imao zadatak da kršćanske države sjedini u savez protiv Turaka. Pošao je na taj put iz poslušnosti i prilično narušena zdravlja. Vratio se teško bolestan, posjetivši prije dolaska u Rim loretsko svetište Majke Božje. Stigavši u Rim, živio je još samo 3 dana. Umro je u istoj sobici gdje i sv. Ignacije, a bilo je to u noći izmedu 30. rujna i 1. listopada 1572. Urban VIII. proglasio ga je 24. studenoga 1624. blaženim, a HIement X. 12. travnja 1671. svetim. Tijelo mu je kasnije preneseno u Madrid.